जगदगुरुकुलम का उद्देश्य सम्पूर्ण शिक्षा और सनातन संस्कृति को प्रदान करना है, जिसमें शैक्षिक उत्कृष्टता को नैतिक मूल्यों और आध्यात्मिक समृद्धि के साथ मिलाया जाता है। इसका मुख्य उद्देश्य ज्ञान, सांस्कृतिक विरासत, और नैतिक सत्य के प्रति श्रद्धा को बढ़ावा देना है। विचारशीलता, रचनात्मकता, और सामाजिक जिम्मेदारी को बढ़ावा देकर, जगदगुरुकुलम व्यक्तियों को जागरूक वैश्विक नागरिक बनाने का काम करता है। अनुभवात्मक शिक्षा और अन्तर्विषयी अध्ययन के माध्यम से, यह छात्रों को वास्तविक जीवन की चुनौतियों का सामना करने के लिए आवश्यक कौशल और ज्ञान प्रदान करता है। अंततः, जगदगुरुकुलम का उद्देश्य व्यक्तियों को समर्थ, समृद्ध जीवन जीने और समाज में सकारात्मक योगदान करने की क्षमता प्रदान करना है।